Le documentaire est divisé en trois volets distincts, chacun retraçant une phase majeure de la crise politique et sécuritaire algérienne :
Première partie : 1988 – 1992, Chronique d’une guerre annoncée
Émeutes d’octobre 1988 : La répression violente des contestations populaires marque la fin du système de parti unique du FLN géré par Chadli Bendjedid.
Ouverture démocratique : L'émergence rapide et la montée en puissance du Front Islamique du Salut (FIS).Janvier 1992 : L'interruption du processus électoral des législatives par l'armée pour empêcher la victoire du FIS, entraînant la démission du président et la destitution des institutions.
Deuxième partie : 1992 – 1994, Le terrorisme à l’assaut de l’Algérie
Entrée dans la clandestinité : L'interdiction du FIS pousse une partie de ses partisans vers la rébellion armée.
Guerre asymétrique : L'émergence de groupes armés ultra-violents comme le GIA (Groupe Islamique Armé).Stratégie de la terreur : Multiplications des assassinats ciblés visant les intellectuels, les journalistes, les étrangers, et sabotage des infrastructures étatiques.
Troisième partie : 1994 – 2000, La défaite de l’islamisme ?
Massacres de masse : Les années les plus sanglantes (1997-1998) marquées par d'horribles tueries collectives de civils (notamment à Bentalha et Raïs) perpétrées par les groupes terroristes.

Réponse de l'État : L'offensive des services de sécurité et de l'armée pour briser la logistique et l'emprise des insurgés.
Processus d'apaisement : Les prémices de la reddition de certains groupes et le virage vers les politiques de Concorde civile sous la présidence d'Abdelaziz Bouteflika à partir de 1999.